Gastroenterologická ambulance provádí vyšetření pacientů s poruchami a chorobami trávícího traktu. Jde jednak o ultrasonografická vyšetření, dále o gastrofibroskopie, koloskopie a rektosigmoideoskopie. Dále vede dispenzář pacientů s vybranými onemocněními trávícího traktu a hepatální poradnu. V součinnosti s lůžkovým oddělením provádí při krátkodobé hospitalizaci některé výkony – snesení polypů ve tlustém střevě, jaterní punkci apod.